Die Pflanzen lagern überschüssige Düngemittel aus dem Acker ein, die somit nicht mehr in die Ostsee gelangen können. Das dichte steifstielige Gras verlangsamt die Fliessgeschwindigkeit von dem Abflusswasser, das etwa nach einem Regenfall von dem Acker kommt. So setzen sich die darin enthaltenen Partikel in dieser Puffer- zone ab, bevor sie den Fluss erreichen. Durch die Wurzelkanäle des Grases wird der Boden aufgelockert und ist somit empfänglicher für das Abflusswasser und dessen gelöste Stoffe. Aufgeschwemmte feine Bodenpartikel von den Acker- flächen dringen so besser in die Erde der Pufferzone ein. Somit wird nicht nur der Sedimentanteil, der durch das Abflusswasser in den Fluss gelangt, reduziert, sondern auch das Volumen des abfliesenden Wassers gesenkt. Durch ihr tief reichendes Wurzelwerk nimmt die Rutenhirse Nährstoffe wie Phosphor und Stick- stoff aus dem Abschwemmwasser der landwirtschaftlichen Flächen auf und reduziert so den Nährstoffeintrag in den Fluss. Um diese positiven Effekte noch zu steigern gibt es zudem Pufferzonen, die zusätzlich Sträucher und Bäume aufweisen. Zur Reinhaltung der Gewässer können vom Gesetzgeber so genannte Gewässer- randstreifen bestimmt werden, die als Pufferzone zwischen einer Ackerfläche und einem Fluss fungieren. In diesen Bereichen von fünf bis fünfzehn Metern Breite soll naturnahes Grünland aus Bäumen und Sträuchern erhalten bleiben und es gelten verschiedene Nutzungseinschränkungen.

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